L'Archivio conserva i documenti relativi all'amministrazione della Città dal XV alla metà del XX secolo; tra questi gli archivi delle Magistrature di antico regime: i Padri del Comune, i Censori, l'Abbondanza, e i Provvisori del Vino; gli archivi dei Comuni annessi a Genova nel 1873 e nel 1926; una raccolta di manoscritti e una collezione di autografi (XIV-XIX), gli Archivi delle famiglie De Ferrari e Brignole Sale (secc. XV/XVI-XIX)e la Collezione pesi e misure di Genova.