L’Archivio Stibbert è la principale fonte di informazioni per la storia di Frederick Stibbert (1838-1906) e del suo museo.
La sua organizzazione segue la struttura della famiglia e vi si conservano anche le carte relative al nonno e al padre di Frederick, Giles Stibbert (1734-1809) e Thomas Stibbert (1771-1847), e alla madre  Giulia Cafaggi (1805-1883). 
La maggior parte dei documenti è comunque relativa alla vita e alla attività di Frederick Stibbert, del quale si conservano atti privati, corrispondenza e una sezione amministrativa molto consistente, che serviva a giustificare tutte le spese effettuate, dalle più quotidiane fino alle grandi spese per la creazione del museo, e copre l’intero periodo della sua vita, fino al 1906.
Una diversa sezione dell’Archivio Stibbert è rappresentata dalle carte raccolte nel primo periodo della vita del museo, dal 1908, anno della sua istituzione in Ente Morale fino al secondo dopo-guerra. 
L'archivio è in gran parte digitalizzato.